建设工程合同纠纷案件历来是民商事审判工作的难点。近年来随着经济社会的快速发展，建设工程合同纠纷案件频发，新情况、新问题不断出现。在此类案件审理中，我们要把握好以下几种关系。
1. 要处理好契约自由与契约正义的关系。
建设工程施工合同效力的认定既要正确理解和切实贯彻契约自由原则，又要充分认识施工合同的特殊性。要正确适用建设工程司法解释第一条和第四条关于合同无效情形的规定，依法认定合同效力。一般来讲，建设发包人尚未取得建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等行政审批手续的工程，与承包人签订的建设工程施工合同无效。发包人未取得建筑工程施工许可证的，一般认定不影响施工合同的效力。对于建设工程施工合同的非实质性条款，应当允许当事人依据具体情况对于合同进行变更，不轻易认定合同无效。要妥善处理黑白合同问题，在裁判结果上，不能使当事人因合同无效获得比合同有效更多的利益。恪守合同的相对性原则，实际施工人向与其没有合同关系的转包人、总承包人、发包人提起诉讼的，要严格依照法律、司法解释的规定进行审查。实际施工人突破合同相对性原则行使诉权的，一般应提供起诉证据证明发包人可能欠付工程款，其合同相对方有破产、下落不明、法人主体资格灭失等严重影响实际施工人权利实现的情形。
观点来源：最高人民法院第一巡回法庭副庭长《当前民商事审判中部分法律适用问题的处理思路》
2. 要处理好建筑行业发展与各方利益保护之间的关系。
准确把握合同法第二百八十六条规定的优先受偿的工程价款的范围，即承包人就其完成的工程成果所产生的费用，包括直接费、间接费、利润、税金等，不包括承包人因发包人违约所产生的损失。对于建设工程价款优先受偿权的期限的起算点应当妥善把握，不让施工人轻易丧失优先受偿权。建设工程价款优先受偿权的期限的起算点为建设工程竣工之日或合同约定的竣工之日起算六个月。如若合同约定发包人支付工程款日期在工程竣工之日六个月之后，或者因建设工程施工合同解除承包人主张工程款时工程尚未竣工的，优先受偿权从发包人应当给付工程款之日起算。另外，在承包人工期延误违约金过高或过低的判断问题上，应考虑建筑业微利行业的特点，综合合同履行情况、发包人实际损失、当事人的过错程度等因素，确定违约金数额。
观点来源：最高人民法院第一巡回法庭副庭长《当前民商事审判中部分法律适用问题的处理思路》
3. 要处理好法院审判权与司法鉴定之间的关系。
建设工程施工合同案件事实认定较为复杂，往往需要借助工程鉴定对工程造价、工期、质量、修复费用等予以确定。工程鉴定受各种因素制约，难以精准，当事人对鉴定结论的证据效力争议较大。司法实践中，要防止以鉴代审，司法鉴定必须由法院行使审判权确定。人民法院根据施工合同纠纷案件审理需要进行司法鉴定的，要尊重合同中有关工程价款结算方法、标准的约定内容，严格执行工程造价、工程质量等鉴定程序的启动条件，尽量缩减鉴定的范围和次数。应严格把握鉴定的启动程序，避免多次重复鉴定，对于双方当事人对工程价款已经达成结算协议，又主张鉴定的，一般应不予支持。当事人对鉴定意见一部分提出异议且该异议经审查成立的，原则上仅针对该异议部分重新鉴定或补充鉴定，不应随意扩大鉴定范围。
观点来源：最高人民法院第一巡回法庭副庭长《当前民商事审判中部分法律适用问题的处理思路》
4. 发包人与承包人串通，以支付工程款的名义申请建工程抵押贷款，承包人收到工程款后又将款项转回发包人，还可以就该部分款项主张在建工程价款优先受偿吗？
发包人以在建工程抵押向银行申请贷款用于支付工程款，承包人收到银行贷款资金后，按照与发包人事先商定将工程款转付至发包人指定账户的，承包人不得再以未收到该部分工程款为由主张建设工程价款优先受偿。
观点来源：最高人民法院第一巡回法庭《民商事主审法官会议纪要（第1卷）》
