小产权房合同纠纷中房屋买卖合同的效力认定应当以现有法律为依据。按照《合同法》规定，只有法律才能规定合同无效的情形，现有法律普遍认定小产权房买卖合同无效是缺乏法律依据的。当然，由于小产权房本身更多是一个政治问题，要指望法院从确认小产权房买卖合同合法有效来推动土地制度变迁并不现实。小产权房本身的处理已经不是一个单纯的法律问题，而需要我们从更加务实的、细致的角度进行处理和妥协。
1 集体土地使用需要进行限制，但小产权房买卖行为却是有效的
从法律上讲，政府禁止小产权房买卖是有法律依据的，主要包括《土地管理法》第43条、63条;而我国也是一个人多地少，人均耕地持有量非常少的国家，因此保护耕地是必须。但是，小产权房流转与耕地破坏并无必然联系，如果农民将已有宅基地、已有房屋用于流转并不影响到耕地保护;同时，现有的法律安排并不一定就合理，从长期看，法律是可以修订的。基于这些理由，从长期看，小产权房应当可以流转。
就算小产权房不符合法律规定，但合同效力具有相对性，农民未按照法律要求的审批、许可程序在集体土地上修建建筑物确实是违法行为，应当给予惩处。但是这并不影响小产权房买卖行为的效力，房屋买卖具有相对独立性，在无法律明确禁止下应当认定为合法。
2 已经建成的、出售的：补缴土地出让金等税费
尽管现有法律政策禁止小产权房买卖，但小产权房已经建成的事实并不能简单通过拆除进行解决，尽管这些房屋不符合土地利用、建设规划，也没有上缴土地出让金等税费，但这些都已经是社会存量财富，而且不少小产权房已经出售，住满了居民，强行拆除势必影响稳定。笔者认为，应当认可这些小产权房占有的合法性，但是需要补缴土地出让金等税费。当然，谁支付土地出让金等税费、以及这些税费是否收得回来同样牵涉到大量细致的问题。
3 逐步允许流转
对农民单独拥有的农村住房以及集体经济组织盘活农村宅基地后修建的“小产权房”应当逐步运行流转，其方式可逐渐从租过渡到卖，从补缴土地出让金等税费过渡到政府收取资源税。笔者之所以建议事先推行小产权房出租的原因在于，首先，这可以作为政府廉租房的一种补充制度;其次，更重要的理由在于，当小产权房市场尚不规范的情形下，为避免由于购房者、售房者在买卖决策时考虑之不充分以及分散市场风险，以租代售不失为一种折中;再次，由于农民的承包权是有年限的，如果允许所有权买卖(永久性出售)会要求我国土地制度的根本性变化。
4 严谨滥占耕地
正如有学者所说，“土地私有化不能遏制土地流失”，与那些声称耕地保护与粮食安全无关的论点相反，笔者认为，耕地保护政策是必须尊重的政策，我们需要“在立法取向上采取耕地保护和土地利用兼顾的具体制度”;更何况，在城乡二元体制下，“土地对于中国农民而言除了生存权以外，还承载着发展和社会保障方面的功能”。因此，那些破坏耕地修建小产权房的违法行为应当坚决禁止，而对于已经滥占耕地修建房屋的，如果能够退耕的应当退耕，不能退耕的在补缴所有税费的基础上再进行处罚。而对建设用地指标内的农用地转换只有在实现占补平衡等前提性条件后可以流转。
5 不符合土地规划的小产权房应认定为违章建筑
包括发达国家在内，土地或多或少有限制，而土地规划是最主要的手段之一。政府应当将土地规划与建设用地指标相结合对城市建设、土地使用等进行规划。而不符合土地规划的小产权房，属于违章建筑，原则上应该拆除。
