对于那些违法违规占用农地开发建设的小产权房项目要坚决地予以取缔。要加强农村集体所有土地的审批力度，对以租代征等违规使用土地的现象要坚决予以制止。但是对于那些在农村集体建设用地和宅基地上建设的小产权房，在政策上则要加以区分，要尽量利用经济手段、用科学发展的长远眼光来提出对策，解决问题。
1. 短期看政策要承认现实，平衡各方利益。
从短期来看要承认事实。有些小产权房是村集体之间通过整合集体所有的建设用地和宅基地，然后再在整合之后的集体土地上建设的。这事实上是对集体土地有效入市流转的一种尝试。这类小产权房不仅解决了城市居民住房难的问题，也实现了农民增收，在一定程度上缓解了民生问题。因此，在短期政策层面我们建议：
（1）小产权房在很多城市大量存在，很多城市居民都已经购买了这类房产，这也证明了小产权房的确是存在一定的供求市场的。因此，除非严重影响国家和城市的统一规划，对于那些合理合规合法建设的小产权房，在补办相关手续补交相关费用之后应当给予相应的正式产权，或者政府通过收购等方式将这些小产权房转变为经济适用房或回迁房。为了防止不纳入规划建设房屋现象的进一步蔓延，对于正在建设和新建的小产权房则要抓紧纳入城市统一规划当中，经过合理的审批程序予以确认或者制止。不能因噎废食。
（2）现在国家颁布的各项政策，都是全国一刀切的行政命令，而对于集体建设用地上建设的这种小产权房，如果能够形成市场交易和合理价格就应该努力运用经济手段进行调控，而不是单纯运用行政手段甚至进行大面积的拆毁。这样可能会激化社会矛盾，把好事变成坏事。
短期的经济手段应注意以下两个方面：首先，小产权房的建设可能的确会导致地方政府土地出让金收入的缩减，中央在多次利用货币政策调控房地产市场的同时，也应该考虑利用财政政策，通过加紧改革现行税收体制中央、地方分成不合理的问题来缓解地方财政过渡依赖于土地收入的问题。根据国研中心课题组公布的实地调研数据：在东部一些县市，除了难以准确统计的土地收费，土地直接税收及由城市扩张带来的间接税收就占地方预算内收入的40%，而出让金净收入又占政府预算外收入的 60% 以上。现阶段随着地方上医疗、住房、社保等各项公共产品提供力度加大和地方经济增长，中央和地方在税收体制上的分配格局应当尽快加以合理的调整。如果能够有效压制住土地财政日益泛滥的势头，再加强对开发商的规范和监管，商品房的价格就会趋于合理的空间。其次，在我国税收收入逐年稳步递增的情况下，中央和地方都应加大财政转移支付力度，尤其应当主导建设更多的经济实用房、廉租房和限价房。如果政府能够提供足够数量、价格合理、区位适宜的此类公益性住房，并且形成合理有效的分配机制，那么小产权房就不会具有如此的规模和吸引力。
2. 从长期看，要深入进行土地产权变革，给予农村土地真正完整的产权。
《土地管理法》第十条对集体土地产权作了如下规定：农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；已经属于乡（镇）农民集体所有的，由乡（镇）农村集体经济组织经营、管理。
从上述规定中，我们不难看出，集体土地产权有三级主体，产权主体不清晰。由于产权主体不清晰，集体土地的处分权和收益分配权究竟应该由谁行使就很难说得清。我们讨论的小产权房是村集体或者乡镇集体领导村民在其集体所有的建设用地上开发的，但是却是“小产权”甚至“无产权”的房子。政府对农村集体土地的用途、转用征收都做出了限定，其实这种集体产权是一种不完整的产权。同时城市国有土地的产权却相对比较明确，国有土地和农村土地其实是同地不同权。而在现行体制下，除非根本不能反映土地稀缺性的集体内部交易，农村集体土地希望进入市场进行交易就必须通过国家征收，这样农民就无法得到土地增值的巨大收益。
因此，从长期来看我们提出如下四条建议：
（1）各级政府要制定出具有相当前瞻性的城市规划，先有统一一致和相对稳定的城市规划，房地产市场才能顺利地进行交易。
（2）明确农村集体产权的主体，使农民真正获得完整的土地产权。农民集体建设用地流转下一步改革的目标应该是对流转土地的产权主体、权利和利益边界进行法律确认，还原农民作为土地资产所有者的地位和应得的权利。这一方面有助于保证农民根据其产权地位分享城市化的成果，两一方面也有助于遏制基层政府卖地的冲动，有利于形成和谐的微观市场结构。
（3）建立统一的城乡建设用地市场。要加强城乡土地市场体系建设，实行国有建设用地和集体建设用地“统一市场”，达到“同地、同权、同价”。进行城乡土地市场体系建设，关键在于赋予城乡集体建设用地相同的权益，“同权”是根本。同为建设用地，已经不存在土地转用问题，应当具有平等的产权，实行“同地、同权、同价”。形成统一的市场后就能够形成有效反映城乡建设用地稀缺性的真实土地价格。形成有效的激励机制和统一市场才是解决这一问题的根本出路。
