(一)物权变动发生效力的时间
依《物权法》第28条之规定，依法院裁判发生物权变动的，自法律文书生效时发生效力。但实践中不同法律文书生效的时间不同，其引起的物权变动的具体时间也存在差异。就地方各级法院作出的且法律允许上诉的一审判决而言，当事人未在上诉期内提起上诉的，上诉期限届满，判决即发生法律效力，因该类判决引起的物权变动生效的时间应为上诉期限届满之日。最高法院作出的一审判决、中级以上法院作出的二审判决，一经送达立即生效，故该类判决引起的物权变动生效的时间应为判决送达之日。此外，根据最高人民法院《关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》第29条之规定，不动产、有登记的特定动产或者其他财产权拍卖成交或者抵债后，该不动产、特定动产的所有权、其他财产权自拍卖成交或者抵债裁定送达买受人或者承受人时起转移。
(二)权利人再处分限制的排除
依据《物权法》第31条之规定，如果是依照法院生效法律文书取得不动产物权，则再处分该物权时，依照法律规定需要办理登记的，未经登记，不发生物权效力。这被称为“非基于法律行为取得的不动产物权再行处分的限制”。 但对于农村小产权房而言，即使根据法院的生效法律文书发生物权变动，也不存在这一问题。因为非基于法律行为取得小产权房的，必须登记的再处分限制被排除了。这种再处分限制何以在农村小产权房的问题上就排除了呢?原因还在于《物权法》第31条之规定和小产权房自身的特殊性。
《物权法》第31条规定，依照法院生效法律文书享有不动产物权的，处分该物权时，依照法律规定需要办理登记的，未经登记，不发生物权效力。该条的意思是说，如果法律没有规定需要办理登记的，即使未经登记也可发生物权效力。该条中“法律规定”之“法律”依体系解释的方法， 应解释为严格意义上的法律，即仅指全国人大或其常委会通过的法律而不包括法规和规章。对于农村小产权房而言，至今没有一部全国人大或其常委会通过的法律要求其进行物权的登记。虽然广州市和厦门市的政府规章要求对小产权房进行物权登记，但这里的政府规章并非《物权法》第31条所指的“法律”。因此，经由法院裁判发生物权变动的小产权房，未经登记仍然可以再行处分。广州市和厦门市的政府规章对于小产权房的再处分限制只具有公法上的行政管理意义，充其量是管理型强制规范;不具有私法上阻断处分行为效力的意义，不是效力型强制规范。
(三)物权变动与第三人保护
我国城市房屋和农村房屋实行不同的产权登记制度。城市房屋可以依法进行登记，取得房屋产权证书，而农村房屋的登记由于没有统一的法律法规的规定，各地做法不一，有的给予登记并发给产权证书，有的则没有建立登记制度。不论是否需要登记，农村小产权房经由法院裁判而发生物权变动都是对既有权利的“颠覆”，这种物权的变动对于第三人而言并非毫不相干。
当依据地方规章农村小产权房需要登记时，经过法院的裁判发生了物权的变动，新权利人依据此生效判决(或裁定)即成为物权主体。但现实中，小产权房的变更登记往往不可能在法律文书生效后马上进行。此时，如果原权利人将房屋转让给同一集体经济组织的善意第三人，就会发生真正权利人和善意第三人之间的权利冲突问题。对此，应该严格审视该第三人取得小产权房的情形是否符合《物权法》第106条规定之善意取得的要件。具体而言，只要第三人受让该小产权房时是善意的，以合理的价格转让，并且该第三人已经与原权利人办理了变更登记手续，则该第三人将依善意取得制度取得该小产权房所有权。而真正权利人可以向已经丧失处分权的原权利人请求赔偿损失。
如果依据地方规章该小产权房无需登记，则只能以占有为其公示方式。在小产权房的物权依据法院生效法律文书发生变动后，如果原权利人并没有及时将对该小产权房的占有转移给新权利人，而是擅自将该房屋出售给同一集体经济组织的善意第三人，此时同样会发生真正权利人和善意第三人之间的权利冲突问题。其解决方案仍然是看第三人是否符合善意取得的构成要件。不同之处在于，此时小产权房以交付为公示方式，那么，在其他条件相同的情况下，只要原权利人已经将该小产权房交付给了该善意第三人，则该第三人将依善意取得制度取得该小产权房所有权。
(四)权利人的后续义务
依《物权法》第28条，经由法院裁判发生物权变动的，自法律文书生效时发生效力。这意味着此种情况下的不动产物权不经过公示即可发生变动，这是物权变动登记要件主义的一个例外，但有其合理性。就农村小产权房而言，因其没有建立全国统一的登记制度，一般不会冲击不动产物权变动的登记要件主义。但在一些已经建立小产权房登记制度的地方，经由法院裁判的物权变动，虽然可以直接发生物权变动的效果，但基于行政管理上的考虑，还需要进行小产权房的变更登记。此时就会产生一个小产权房物权变动之后的后续问题，即由谁向登记机关提出变更登记的问题。从已经建立农村小产权房登记制度的广州市来看，根据《广州市农村房地产权登记规定》第7条和第12条之规定，应该由权利人进行申请。这种做法无疑是可取的，但应该更进一步强化权利人及时去登记机关登记的义务。因为法院裁判引起的物权变动大都通过形成判决做出，而形成判决具有对世的广泛效力， 这种对世的广泛效力在某种程度上借助于登记机关登记簿的公示作用才能贯彻到底。而已经被生效裁判确定为权利主体的人对于及时登记也有利益在其中，这样可以避免小产权房被他人无权处分。
另外，根据原国土资源部《关于加强农村宅基地管理的意见》第2部分第8项，宅基地土地登记发证到户将在全国推行。而依《物权法》第155条之规定，已经登记的宅基地使用权转让或消灭的，应及时办理变更登记或注销登记。因此，即使小产权房本身不需要登记，但其占用的宅基地使用权也必定要登记的。
