农村小产权房除了在农村集体经济组织内部通过法律行为进行转让从而产生物权的变动外，还有一些物权变动是非基于法律行为产生的，基于法院的法律文书所生的物权变动即其著例。因为农村小产权房的限制流通，故而基于法院法律文书发生物权变动的情形就显得比基于买卖、互易等法律行为发生物权变动的情形更有意义。
(一)据以发生物权变动的法院法律文书的范围
基于法院法律文书发生物权变动的依据就是法院的生效法律文书。人民法院作出的法律文书包括判决、裁定、决定、调解书以及各种命令、通知等。其中，只有判决、裁定有可能从公法的层面对当事人的利益作出重新分配;因此，这里的生效法律文书也主要是指生效判决、裁定。
判决又可以分为给付判决、确认判决和形成判决。一般认为，能够直接引起物权变动的法律文书限于法院作出的形成判决。所谓形成判决，又称变更判决，是指变更或者解除双方当事人之间某种既存的民事法律关系的判决，如分割共有财产的判决等。由于物权变动是物权在权利主体之间的重大变更，是对当事人之间既有的利益格局进行的重新调整，形成判决恰恰能起到这种效果。
关于调解书能否引起物权变动的问题，有人认为，调解书虽然与确定判决有同一效力，但就物权变动事项所作的调解，尚无与形成判决同一的形成力，因此，不能直接引起物权变动。 其实，调解书之所以不具有形成力，其深层次原因在于调解的性质。从我国立法、司法、法律理论及国民法律意识和法律素养的特殊背景看，诉讼中的调解具有当事人处分行为的私法性和法院审判行为的公法性这两重属性。其中，私法性应居于主导地位。 这就决定了调解书在很大程度上有当事人意思自治的因素。可以说，依调解书而发生的物权变动与依当事人法律行为而发生的物权变动靠得更近，而与基于法院形成判决发生的物权变动离得更远。从这一意义上讲，调解书的确不能直接引起物权变动。
法院制作的裁定通常情况下也不能直接引起物权变动。从实务来看，能够直接引起物权变动的裁定主要是执行程序中对不动产和有登记的特定动产拍卖时所作的拍卖成交裁定和以物抵债裁定。依据该拍卖成交裁定或以物抵债裁定取得的小产权房，其上原有的担保物权及其他优先受偿权，因拍卖而消灭，依据该裁定取得小产权房有类似于物权取得方式中的原始取得的效力，与基于法律行为的物权变动不同。
(二)法院裁判导致小产权房物权变动的情形
其一，离婚判决中对共同共有的农村小产权房所作的分割。隶属于农村集体经济组织的农民自住房或住宅楼都属于小产权房，当农民离婚时必然会面临作为夫妻共同财产的小产权房的分割。经由法院的离婚判决，原属夫妻共同共有的小产权房将确定地发生物权变动。
其二，法定继承纠纷中对作为遗产的农村小产权房的分割判决。继承有遗嘱继承和法定继承之分，当事人因遗嘱继承发生纠纷涉诉时，只要遗嘱是有效的，法院根据遗嘱所作的分割遗产的判决实际上是对遗嘱确定的新权利人的确认而已，此种判决不构成对法律关系的变更或消灭，因而不属于因形成判决所导致的物权变动。当数个同一顺序法定继承人因法定继承发生纠纷涉诉时，法院将依据《继承法》的相关规定对数个同一顺序继承人所共同共有的小产权房遗产进行分割，这种分割的判决也将使小产权房确定地发生物权变动。上述小产权房根据法院裁判发生物权变动会导致其占用的宅基地也依据“地随房走”的原则转移到继承人名下，但这并不意味着小产权房所占用的农村宅基地可以作为遗产。在我国，宅基地能否作为自然人死亡时遗留的合法财产，应以一定的时间为界，农村应以1962年为界，在此之前是遗产，在此之后则不是遗产，因为在此之后土地收归了公有。
其三，农民因未履行给付判决确定的义务而被申请执行时法院拍卖其非生活必需的小产权房所导致的物权变动。实践中，不少农户拥有不止一套小产权房，当他不履行给付判决确定的义务时会被申请强制执行。于是法院可以依据《民事诉讼法》第220条之规定查封其部分小产权房。然后，法院将对查封的小产权房进行拍卖，拍卖成交后，法院作出拍卖成交裁定，此裁定将导致该小产权房的物权发生变动。
其四，乡村企业用房通过法院执行程序中的拍卖成交裁定所导致的物权变动。我现行法允许以农民集体所有的土地为资本要素出资，如《土地管理法》第60条允许利用乡镇土地利用总体规划确定的建设用地兴办乡镇企业等。那么乡镇企业在日常经营过程中难免会以其建设用地上的小产权房进行抵押。当债权届满不能受偿时，抵押权人与抵押人未就抵押权实现方式达成协议的，抵押权人可以请求人民法院拍卖、变卖抵押财产。拍卖成交后人民法院将做出拍卖成交裁定，根据该裁定，小产权房的物权将发生变动。此处需要注意的是，根据我国《物权法》第201条之规定，实现抵押权后，未经法定程序，不得改变土地所有权的性质和土地用途。
