出于对流转后果的担心，《物权法》草案一直对宅基地流转进行严格限制。 但由于社会反响强烈，《物权法》最终对宅基地的取得、行使和转让作了模糊化规定。《物权法》第153条：“ 宅基地使用权的取得、行使和转让，适用土地管理法等法律和国家有关规定。”按照字面意思理解，如下结论似都可成立：1.宅基地可以流转，但流转时应遵守《土地管理法》等管理性规范和规定。2.宅基地的流转，不适用物权法，而适用土地管理法和国家有关规定。如果是第1种意思，则宅基地的流转本身不受限制，只是流转过程中须遵守管理规定；如果是第2种含义，则该条实为授予《土地管理法》与有关规定以权限的授权性规范，因为《土地管理法》和国办《通知》对宅基地流转是予以限制的，故此时宅基地的流转受到限制。若依此理解，则可以认为物权法的规定实质上赋予了国办《通知》以法律实效，因为理论上，国办《通知》不是法律、亦非行政法规，其禁止城镇居民在农村购房是没有法律效力的。按照《合同法》，只有违反法律、行政法规的强行性规定的合同始为无效。究应取何意，需要通过物权法解释予以明确。就立法本意而言，立法者显然是想通过对宅基地使用权流转的模糊化处理，为以后宅基地的自由流转打开方便之门。而且，在法律性质上，土地管理法是规范土地管理行为的法律，是否允为交易，自有交易法为之，无需其越厨代庖。至于管理性规定，本身就只是一种行政性举措，更不应以其作为判断交易是否有效的根据。故，笔者认为，物权法第 153条事实上承认了宅基地的流转，但由于对宅基地上房权与地权的适当分离认识不清，在立法时流露出矛盾心态：一方面，希望通过确认房屋的流转以实现房屋价值，恢复农房融资功能；另一方面，又担心房屋流转带来宅基地流失，影响土地保障功能的实现。故通过立法技术，作犹抱琵琶半遮面似的处理，以增加回旋余地。
在社会保障不健全的情况下，笔者赞成对宅基地交易进行必要限制，因为宅基地丧失将导致农民基本生存受到威胁。但在房权与地权适当分离的情况下，简单化的禁止通过受让而获得宅基地使用权显然是不合适的。部分建筑物区间的转让，并不会导致土地使用权的丧失，房屋受让人取得土地使用权亦不以他人丧失土地使用权为对价。此时，在一处宅基地上，完全可以同时成立两个以上互不冲突的使用权。因此，构建新型农村房地流转制度的理想基础是：原宅基地使用权人继续保留宅基地使用权而又不妨碍新的受让人就同一块宅基地成就使用权。此种法效，只有在土地上建筑物区间部分而非全部转让的情况下，才能实现。
所以，从建筑物区分所有的视角，农村房屋的转让理应是允许的。但在全民性社会保障制度建立之前，必须严格坚持土地的保障功能，农民在转让房屋时必须保留必要的生活用房。只有在能够提供证据，证明其已经拥有商品住宅，宅基地土地使用权的保障功能已经丧失的情况下始可以例外。
一以概之，笔者关于宅基地及其房屋流转的设想可以概括为：以实现房屋价值为目的，以坚持房屋保障功能为基础，以有利于土地集约化利用为目标，既遵从价值规律，又兼顾中国国情。笔者认为，在城乡二元化确实存在且不可能短期消除的现实国情下，在当今的中国，这一设想是可行。
宅基地上的建筑物有序流转，不仅能大大增加宅基地上房屋的价值、缩小城市与乡村的差距，有助于打破多年困扰二元化城市与乡村的樊篱，对于破解当前房价高企困局也极为有效。但也可能带来系列问题：会否带来房屋的无序开发，从而对现行房产市场造成冲击？会否造成新的贫富不均？
宅基地上区分建筑物的入市，确实可能带来房地产市场的深刻变化。在一些城市的近郊区，农民为了多获得利益，可能想方设法加建房屋，甚至大量生产不符要求的劣质房以牟利，由于近郊的房屋需求相对旺盛，因而近郊的农民有可能通过房屋转让得利而偏远地区的农民可能一无所得，从而引发新的贫富不均。但笔者认为，只要措施得当，这些问题是可以解决的：第一，目的限制。农民不具有房屋开发的资格，农民在宅基地上建设房屋，必须用于家庭自住目的，不能超过家庭自有需要盲目建设住宅，对利用住宅牟利的行为，法律也不应予以保护。在具体判别标准上，可以确立总量控制原则，比如，一户在一宅基地上建设房屋的数量不得超过该家庭成员数，多者不允许交易，或交易时需交纳高额的交易税并集体土地出让金；又如，可以实施建筑面积总量控制，无论建设多少套住宅，但不得超过批准的建筑面积进行建设。第二，规划控制。按照土地管理法，宅基地上建房必须符合乡镇总体规划和土地利用计划。交易相对旺盛的地区可以通过加强土地利用整体规划，来限制宅基地上的随意建设。农民在宅基地上建房，必须符合规划要求，否则不予批准。擅自加建的，视为违法建设对待。第三，实施交易累进税率，一户第一次转让宅基地上房屋时，税率较低，第二次转让则较高，第三次更高，逐步减少以房获利空间。第四，由房屋流转引发之同一集体经济组织内部的贫富悬殊问题，可以通过土地使用费的集中使用解决。由于农民获得宅基地没有交纳土地使用费，在宅基地上房屋转让时，房屋出让人应补缴这部分费用，集体经济组织应利用这些费用提高集体共同福利。第五，不同地区之间的差异，可以通过税收转移支付，将所征税收投资于偏远地区公用事业建设的方式实现。第六，房屋质量的问题，可以通过加强监控、完善质量标准、明确法律责任等多种方式实现。
