由于历史的原因，各地都存在着数量不等的由房管部门代为管理的房屋。这类房屋所有权人缺席，使拆迁活动有着特殊性。为维护产权人的合法权益，法律对代管房屋的拆迁作了特殊的规定。
代管房屋根据代管权力产生的原因，可分为委托代管和依法代管。委托代管，是指私有房屋的所有人不在本地或者由于某种原因无法行使管理权而委托他人进行管理。依法代管，是指房屋所有权人因某种原因没有或者无法行使管理权，而依照法律的规定，由政府（主要是房屋管理部门）代为管理。城市房屋拆迁中的依法代管主要有四种情况：一是房屋所有人下落不明，而且经拆迁人寻找无线索；二是逾期未能办理产权登记，且一时找不到登记权人的；三是所有权人死亡无继承人的；四是继承人下落不明又无合法代理人的。
对于代管房屋的拆迁，《城市房屋拆迁管理条例》有特殊的规定，该条例第14条规定：“房屋拆迁管理部门代管的房屋需要拆迁，拆迁补偿安置协议必须经公证机关公证，并办理证据保全。”而对委托他人代管的房屋则没有直接规定，因此，代管房屋拆迁的操作，也因代管主体的不同而不同。
第一，对依法由房屋拆迁管理部门代管的房屋，需要拆迁时，拆迁人应与房屋拆迁管理部门订立拆迁安置补偿协议。该协议应经公证机关公证，被拆除房屋应办理证据保全。采用产权调换的，该调换取得产权的房屋继续由原代管人代为管理，房屋出租收入扣除必要管理费后，专账管理。采用货币补偿的，房屋拆迁管理部门或者其他代管部门不得挪用；也可以先将补偿金缴入财政，尔后按无主财产的规定程序办理相应手续，但一旦出现合法所有人主张权利，应验明身份后将款项退还给所有权人。
第二，对委托他人代管的房屋实施拆迁，应注意三个环节：一是注意验明委托手续的合法性与有效性。如委托手续有疑问，又找不到所有人的情况下，应按法定代管的程序，由房屋拆迁管理部门实施代管，履行职责；二是订立拆迁补偿一安置合同时，代管人应提请公证机关进行合同公证，并送房屋拆迁管理部门备案；三是产权调换的房屋继续由代管人管理，如用于出租，租金收入，应以所有人的名义存入银行，货币补偿金也应如数以所有人的名义存入银行，不得挪用。代管人应及时将情况通知所有人的继承人，不得违反诚实信用原则，侵吞委托人的资产。拆迁人发现代管人有侵吞挪用行为，应予制止，必要时向房屋拆迁管理部门报告，金额较大的，应向公安部门报告，以追究其刑事责任。
无论是依法代管还是委托代管的房屋，拆除时都要请公证机关作勘察记录，采取证据保全措施，避免纷争。
