（一）对预征地协议的处理
1.在集体土地报批征收前，村民先与村集体签订预征地协议，市、县人民政府在上级行政机关未作出征地批复之前也未使用土地的，该预征协议因生效的条件尚未成就，对集体经济组织、被征地农户等权利义务尚不产生实际影响，原则上不可诉。
2.预征地协议生效条件成就后，协议双方在履行协议过程中发生纠纷的，应当参照《合同法》和《中华人民共和国行政诉讼法》确定相应的时效。协议一方诉请解除协议等的，时效可以自市、县人民政府发布征地公告之日起计算。
3.在预征地协议履行过程中，集体经济组织以及被征地农户等权利人对有关行政主体对协议涉及的有关地上附着物数的调查认定行为不服提起行政诉讼的，人民法院结合案件具体情况，可以立案受理。
（二）土地征收批准文件（征地批复）两年内未实施的效力问题
《国土资源部关于印发〈关于完善农用地转用和土地征收审查报批工作的意见〉的通知》（国土资发〔2004〕237号）第十四条规定：“农用地转用和土地征收批准文件有效期两年。农用地转用或土地征收经依法批准后，市、县两年内未用地或未实施征地补偿安置方案的，有关批准文件自动失效。”据此，征地批复失效的前提条件为市、县两年内未用地或未实施征地补偿安置方案等。因被征地农户等得到征地补偿款和具体获得安置，仅为市、县人民政府以及土地行政主管部门具体实施征地补偿安置方案的阶段性行政程序，故不能仅以被征地农户等是否得到征地补偿款和实际获得安置，作为市、县人民政府以及土地行政主管部门是否具体实施征地补偿安置方案的依据。人民法院在具体司法实践中，仍应具体问题具体分析。
（三）对新农村建设中协议搬迁的处理
新农村建设中的协议搬迁，应当坚持村民自愿原则。在不改变农村集体土地性质的前提下，经上级人民政府批准同意和村民大会、村民代表大会审议后，基于新农村建设需要，乡镇人民政府或者村委会在平等、自愿、协商一致的基础上与村民签订搬迁补偿协议，人民法院可以支持。未达成协议，村民未主动交出房屋而引发的违法强制拆除案件，人民法院宜通过协调化解结案，并确保用于安置的房屋标准不低于原居住房屋标准；无法协调化解的，可以判决乡镇人民政府或者村委会依法承担相应的赔偿责任。
（四）对《中华人民共和国土地管理法》第五十八条第二款有关“适当补偿”的理解
《中华人民共和国土地管理法》第五十八条规定，为公共利益需要使用土地的，或者为实施城市规划进行旧城区改建，需要调整使用土地的，有关人民政府土地行政主管部门报经原批准用地的人民政府或者有批准权的人民政府批准，可以收回国有土地使用权，对国有土地使用权人应当给予适当补偿。土地使用权人不服的，一般应当以作出收回土地决定的土地行政主管部门为被告。
土地行政主管部门可以在作出收回土地决定时一并补偿，也可另行作出补偿决定书。对收回的国有土地的“适当补偿”也即公平合理补偿。原则上应当按照《城镇土地估价规程》通过评估来确定被收回国有土地的市场价值。对于行政机关作为补偿决定依据的评估报告，人民法院可以对作出评估报告的程序、评估方法等是否合法进行审查。评估方法的确定应当依法在收益还原法、市场比较法、成本逼近法、剩余法、基准地价系数修正法等中科学合理选择，既应考虑国土资源部的技术规范，也应考虑案件所涉土地使用权的使用现状以及收回国有土地使用权的目的和用途。
