建设工程结算纠纷最常见的成因从建设工程结算纠纷的法院判决或仲裁裁决中比较容易发现，在这些建设工程结算纠纷的司法文书中，其成因表现为争议“案由”。司法文书中的案由形形色色，但行内人士一眼就看出，这些司法案由只是表面成因，但归纳这些外在的司法案由，可以让我们透过现象看本质发掘出建设工程结算纠纷的真正诱因。
根据多年来由法院房产庭（改革后称民三庭）受理的建设工程合同纠纷案分类，导致以结算纠纷表现出来的建设工程纠纷主要有如下几种具体案由：
（一）工程量之争。土建工程的工程量之争主要集中在合同生效后增加的工程量及对隐蔽工程的详细数据未做三方（发包方、承包方与监理公司）签字的记录，仅凭承包方施工日记进行结算，发包方提出异议。安装工程的工程量之争，主要集中在隐蔽在墙体中的管线铺设记录与确认问题。
（二）计费系数之争。该争议主要是由于承包方资质变更或者施工队属于挂靠单位或者承包方由不同资质的单位合作组成，资质之争表现在结算领域就是计费系数之争。
（三）大型机械租赁费用的计费之争。许多建设工程需要承包方对外租赁大型机械设备，例如台搬等。按照建筑行业惯例，这些大型机械的租金应该在工程款外另行计费，特别是为了赶工期时，更是如此。承包人租赁时一般有说明，发包方为赶工期也不否认，但进行工程结算时发包方总觉得在合同款外另行支付设备租金不合算，认为承包方使用的机械应该由承包方自行负责，总找理由拒付。
（四）赶工奖之争。建设工程承包合同一般规定如果由于施工单位的赶工而提前完成，发包方应该按日给予一定的赶工奖，有些项目的赶工奖总量并不小。笔者在处理广州市人民路某大厦的结算纠纷时就发现赶工奖高达1000多万元。而该项目总造价人民币一亿六千万元，最后形成纷争的也只有1300万元。赶工奖所以成为结算障碍主要原因是赶工奖的单边认定程序造成。赶工奖一般由施工单位提出申请，而由发包方层层审批，最后拨付。这一过程完全由发包方内部操作，审批的表格文件施工单位并不持有。而赶工奖支付后，发包方同样会要求施工单位开具工程款发票（便于核算、摊销成本）。有时发包方不够诚信，事后又将这些赶工奖计入合同款，而施工单位因为没有赶工奖的内部审批表格（最多只有复印件）而无法向法庭举证。
（五）竣工决算时间之争。建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，然后报经发包方审核，达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程“竣工”。“竣工”这一概念在建设工程领域本来是一个无争议的技术概念，即合同项下的工程量已完成。但笔者发现许多发包方或者过分谨慎或者出于其他难以言表的目的引进商品房买卖领域的“竣工”概念，添加了“项目验收”或“综合验收”的内涵。众所周知，商品房买卖合同中的房地产“竣工”是一个法律概念，比建设工程承包合同的“竣工”要复杂得多。例如土建工程的工程内容只包括外围框架工程，但商品房买卖合同中，哪怕最低要求的“竣工”，除外围框架结构外，还必须包括内装修、即水电到户与设计间隔等，如果使用综合验收的标准就更复杂了，除上述要求外，还包括小区配置及消防验收。承包方往往为了承揽业务，对发包方在合同中设下的“竣工”概念陷阱不加防范。一旦中招，即便合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整个工程没有“竣工”为理由，而拒收承包方的决算报告。因为“决算不成熟”，当然也就可以堂而皇之地拒付工程款了。
（六）显失公平之争。这只是个别案例，有时发包方与承包方在建设工程承包合同中约定了一个比市场更高一点的工程款（个中原因彼此心照），但建设期间发包方负责人更换，对早先的内幕交易并不知情或者知情也装糊涂，新的负责人等待工程竣工后，对承包方的决算报告合理地质疑决算偏高。笔者在处理某国营企业的消防工程款纠纷时，发现某消防公司提交的工程决算价连笔者这个非专业人士都认为偏高，发包方的聪明才智更是勿庸置疑。后来法院指定的中介机构重新审核，果然核算价比决算价低40%（建设工程款只允许5%的偏差）。
（七）违约之争。无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件（如施工现场未能通水、通电、通路等）、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工、窝工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。
（八）建筑材料品质之争。建设工程招投标时对工程主要建筑材料品质有所要求或承诺，但由于建筑材料市场供求关系的影响，有时使得承包方转而采用合同外的其他建材，因此引起结算纠纷是不可避免的。2003年上半年，由于国际市场的剧烈变动，建筑材料如钢材价格大幅度上涨，有的涨幅高达40%。而承包方进行建设工程投标时一般只考虑了5%的价格上涨幅度，最多不会超过10%。面对40%的涨幅，如果发包方与承包方未能达成谅解（或者提高工程款或者工程延期等待建材市场价格回落），承包方就只能寻找低品质的替代品。最后因建筑材料品质引发工程款结算纠纷。
（九）沉默的决算书效力之争。建设工程领域一般倾向于采用格式化的建设工程承包合同，最多只对个别条款略加修改。这些格式合同中一般都包含决算异议期限，即发包方收到承包方决算报告后在10天内必须提出意见，逾期无答复视为同意。例如89年版的《广州市建筑安装工程承发包专用合同》第十二条第二款即如是规定。但合同实施起来远没有这么简单。当发包方系国营企业或政府部门时，我国公职单位固有的效率低下的陋习使得发包方不可能在规定时间内作出反应。有时发包方资金没有调动到位，为了扣押决算书拖延支付时间，往往通过非授权职员收件，最后收件人自己承认未能转交授权人员，自然也无法反应。而承包方认为发包方收到决算书后，在约定时间内未提出意见，根据合同规定，决算书已经生效，要求立即结算付款，而发包方则以授权人员未收到决算书，或者审核需要时间或声称已经聘请中介机构进行核算相抗辩。在这类纠纷中，沉默决算书的效力成为争议焦点。
（十）总包与分包之争。由于现代社会的分工越来越细，实际上一个大型建设工程难以由单一的总承包商完成，而且有些劳务作业需要大量的人力，也无法由总承包公司独立完成。因此，总承包单位承揽建设项目后经建设单位同意，一般都会将其中的专业工程和劳务作业分包相应的分包单位。如果发包方就全额工程款结算完毕，则发生结算争议的可能性较小，如果发包方只进行部分结算，则很容易酿成总承包单位与分包单位的争议。而且总承包单位与分包单位之间除工程款结算外，还存在着管理费之争。如果建设单位参与指定或者暗示分包单位，则引起的工程款结算纠纷会更复杂。这类纠纷在建设工程领域比较普遍，2004年2月3日，建设部还特别颁布《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》加以特别调整。
（十一）发票之争。建设工程款绝大部分都是分期付款，建设工程的成本核算需要工程竣工后才能进行。因此，少数民营企业发包方在分期付款时可能会忽视立即索取工程款发票。而某些承包方，特别是挂靠性质的临时施工队，为偷逃税收有时以未收到全额工程款为由，拒绝开具税收发票。当全额发票应付的税款超过剩余工程款时，这种纠纷发生的可能性更大。笔者代理的广州榕X花园建设工程结算纠纷即因发票而起。在该案中，发包方与承包方对工程结算及支付并无争议，但当工程款只剩下5%（120万元）时，发包方要求施工单位开具累积已付2280万元工程款发票，施工项目公司负责人却不见踪影。经调查发现所谓的承包人实际是临时拼凑的施工队，挂靠具备资质的建筑公司而已。
（十二）5%尾款之争。建设工程竣工移交后，承包人按照合同要求应在一年内进行保修。为了保证承包方履行保修义务，发包方一般在合同中约定工程款支付95%工程款后，余下5%工程款留待一年保修期满后再行支付。有的合同采取工程款先付，由承包方另行出具5%工程款的银行保函加以保证。5%尾款争议的原因在于承包人是否在保修期内适当履行了保修义务。
（十三）阴阳合同之争。这在建设工程领域有一定的代表性。实力雄厚的建设工程发包方利用其在签约中所处的优势地位，就同建设工程除与承包人公开签订建设工程施工合同（“阳合同”）外，又强迫承包人签订另一份包括工程价款、工期等方面内容与“阳合同”不一致且有利于发包方的建设工程施工合同，即所谓“阴合同”。进入结算阶段时，两份相矛盾的合同究竟谁是结算标准成为争议焦点。按照普通合同法原理，应该认定阴合同标准（因为时间在后），按照招投标法，应该认定阳合同标准（因为该合同系公平竞争的招投标结果）。2003年12月最高人民法院公布的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》（征求意见稿---至本文脱稿之日尚未生效）第六条就明确提出阴阳合同问题。
