第一条：建设工程施工合同无效的情形；
第二条：合同无效、工程验收合格的处理原则；
第三条：合同无效、工程验收不合格的处理原则；
第四条：非法转包、违法分包、借用资质合同的民事制裁；
第五条：超越资质，竣工前取得资质的，按有效处理；
第六条：垫资及利息的处理原则；
第七条：劳务分包按有效处理；
第八条：发包人的合同解除权；
第九条：承包人的合同解除权；
第十条：解除合同后的处理原则；
第十一条：承包人拒绝修复的处理原则；
第十二条：质量缺陷的处理原则；
第十三条：未经验收擅自使用的处理原则。
第十四条：实际竣工日期的确定；
第十五条：质量争议期间工期的处理。 第十六条：工程价款的计算标准；
第十七条：拖欠工程款应计付利息；
第十八条：根据实际情况确定利息起算时间；
第十九条：工程量计算；
第二十条：逾期不结算的后果；
第二十一条：“黑白合同”的认定；
第二十二条：按固定价格结算；
第二十三条：可以不全部鉴定；
第二十四条：建设工程不适用专属管辖规定；
第二十五条：总承包人、发包人、施工人为共同被告
第二十六条：实际施工人利益的保护：
第二十七条：保修责任；
第二十八条：解释的实施。
这个司法解释总共有28条，结构可以分三个部分：
第一条到第二十六条属于第一部分，属于主体部分，主要涉及建筑工程施工合同，从理论上讲是合同之债。第一部分再细分，还可以分为两个部分，第一到二十三条讲的是实体；第二十四到二十六条讲的是程序。第一条到第二十三条还可以分为四个部分。第一部分即第一条到第七条，是有关施工合同无效的情形。包括哪些情况应当认定无效，以及无效合同的法律后果，或者说形式上无效，但实质上应当认定为有效的情形。为什么不讲合同有效呢？因为合同有效的原则是合同全面履行，不需要制定司法解释来解释，所以只讲无效。第二部分即第八条到第十条，讲的是施工合同的解除。就是施工合同有效的解除问题，主要讲法定解除，因为约定解除只要约定条件成就即可解除，不需要制定司法解释。这三条分别讲了发包人、承包人的合同解除权以及合同解除的法律后果。第三部分即第十一条至第十五条，这五条讲的是施工合同的质量纠纷。第四部分即第十六条到二十三条，是讲施工合同的结算纠纷也就是工程价款纠纷。
第二十七条讲的是合同侵权，因不适当履行建筑施工合同造成的损害，是侵权问题，从理论上讲是侵权之债。这个司法解释本质讲的是建筑施工合同，所以合同之债居于主导和核心地位。侵权之债仅二十七条一条。第二十八条相当于法条的附则部分，讲的是司法解释生效的时间，是否有溯及力以及法律冲突。冲突指的是颁布的这个司法解释与以前颁布的司法解释有矛盾和冲突的时候如何适用。
这个结构应该说是一个非常不完整的结构。一般法律的结构，第一部分是统领全篇的原则；第二部分是权利、义务及责任；第三部分是违反权利义务以后承担的法律后果，即罚则；第四部分是法律附则部分。这个司法解释为什么达不到这么一个完整的结构呢？主要还是根据司法实践的需要。从施工合同诉讼的实际情况来看，当事人打官司的主诉一般是定形化的，很简单。一般情况下都是施工人也就是施工合同的乙方，诉甲方索要工程款，甲方抗辩的理由主要是施工质量存在问题或者工期拖延，主张乙方应该承担违约责任，想达到的目的就是抵销、吞并欠付的工程价款。所以从司法实践来看，没有必要形成完整的结构，只涉及需要制定司法解释的部分，并不是制定一个完整的法律。把那些需要制定、需要解释的内容进行归类、梳理，就形成了现在这个不完整的结构。
根据《民法通则》、《合同法》、《招标投标法》、《民事诉讼法》等法律规定，结合民事审判实际，就审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律的问题，制定本解释。
