1. 就房屋自身而言。
（1）面积套型不同：经济适用房的面积套型必须严格执行国家的规定；而商品房的面积套型由开发商根据市场需求自行决定。
（2）价格杠杆不同：经济适用房的定价以微利保本为原则，执行政府指导价，其建设用地由政府划拨，无需支付土地出让金，政府也免除相关的税费；商品房的价格完全由市场决定，其建设用地为政府“招、拍、挂”出让，开发商需要支付土地出让金和相关的税费。
（3）产权登记不同：购买经济适用房后，办理产权登记时需要注明所购房屋为经济适用房，买受人拥有的是有限产权；而购买商品房后，产权过户登记买受人享有的是完全产权。
2. 就房屋流转而言。
（1）出售对象不同：购买经济适用房的资格有住房、收入、户籍等条件限制；而商品房投入市场后，原则上一切市场主体均有购买的权利。
（2）流转时限不同：购买经济适用房不满5年的，一般不得上市交易；满5年的，政府有优先回购权，购房人也可以在缴纳土地收益等税费后取得完全产权，予以上市流转；而商品房买受人购买商品房后可自由上市交易，年限长短仅与缴纳营业税的多少有关。
