考虑到实践中户籍管理与宅基地管理不衔接，公安部门规定有独立住址才能分户，而基层国土资源部门在户籍分户后才批准使用宅基地。国土资发[2016]191号文也规定了变通方式：符合当地分户建房条件未分户，但未经批准另行建房分开居住的，其新建房屋占用的宅基地符合相关规划，经本农民集体同意并公告无异议的，可按规定补办有关用地手续后，依法予以确权登记；未分开居住的，其实际使用的宅基地没有超过分户后建房用地合计面积标准的，依法按照实际使用面积予以确权登记。举例来说，甲未经审批占有两块宅基地，如果甲家庭成员有成年子女乙，可以补办用地手续登记两块宅基地。如果甲和乙住在一起，占用的宅基地面积超过一户（120-150平米）但没有超过两户（240-300平米）的面积标准，可以登记。建议自然资源部与公安部协商，由公安部门分户后予以登记。
还有一种情况是继承导致的宅基地转移产生的“一户多宅”，也可以办理宅基地使用权转移登记。
