1、审判实践中应当掌握的三个原则：
(1)发包方和承包方协商办理工程结算,签定工程结算书的,在审理中原则上以双方签定的工程结算书作为定案的依据,当事人一方对该工程结算书有异议而请求人民法院委托鉴定的,原则上不予委托鉴定。在发生工程款争议的情况下，如果双方当事人事先未就工程的数额达成协议，而事后也未就聘请鉴定人就工程款进行鉴定问题达成合意，应由双方聘请的专家证人就工程款问题提供证明。
(2)一审法院在一审期间委托有关单位对建筑工程进行鉴定并依法做出裁判的,二审期间当事人对一审法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定的,原则上不予委托鉴定，但依照最高人民法院法释[2001]33号《关于民事诉讼证据的若干规定》（自2002年4月1日起施行）第27条的规定，当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，二审法院应予准许：
①鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的；
②鉴定程序严重违法的；
③鉴定结论明显依据不足的；
④经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。
对有缺陷的鉴定结论，可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的，不予重新鉴定。
根据2001年11月16日发布并实行的《人民法院司法鉴定工作暂行规定》第四条的规定，凡需要进行司法鉴定的案件，应当由人民法院司法鉴定机构鉴定，或者由人民法院司法鉴定机构统一对外委托鉴定。第十四条规定：“有下列情形之一需要重新鉴定的，人民法院应当委托上级法院的司法鉴定机构做重新鉴定：（1）鉴定人不具备相关鉴定资格的；（2）鉴定程序不符合法律规定的；（3）鉴定结论与其他证据有矛盾的；（4）鉴定材料有虚假，或者原鉴定方法有缺陷的；（5）鉴定人应当回避没有回避，而对其鉴定结论有持不同意见的；（6）同一案件具有多个不同鉴定结论的；（7）有证据证明存在影响鉴定人准确鉴定因素的。”
(3)质量鉴定原则上以质量监督检验站出具的质量评定书为依据。
2、工程质量和工程造价鉴定部门的确定。
①工程质量鉴定部门。各地人民政府建设行政主管部门所属的建设工程质量监督检验站。
②工程造价鉴定部门。各地城乡建设管理部门对涉案的有关工程规划、设计、建设、安装、造价等方面的问题进行鉴定。
③审计机关的审计意见不能作为确定工程款的直接依据，除非建设工程承包合同双方有此明确约定。根据我国《审计法》第二条，审计机关是代表国家对各级政府、国有金融机构和企业事业组织的财务收支或者财务收支的真实、合法和效益依法有权进行审计监督。该法第二十条规定：“审计机构对国有企业的资产、负债、损益，进行审计监督。”审计监督主要是对国有资产是否造成了损失，国家机关和国有企事业单位是否违反了财经纪律等问题进行监督。对于违反财政收支规定的行为，审计机关有权予以处罚、制止、责令改正，如果发现交易双方恶意串通损害国家利益的，审计机关也有权予以处罚。审计机关如发现此类问题并在审计结论中作出了认定，该认定的事实也可以作为确定合同无效的因素加以考虑。审计监督在性质上只是一种行政监督，作为行政机关的审计机关一般不能对工程款的计算、确定做出决定。因为有关工程款问题涉及到当事人双方的合意，应当由当事人按照协议来解决。即使在工程款发生争议后，需对工程款进行鉴定的，也应由专门鉴定机构以及建设行政管理部门来确定，而不能由审计机关来解决工程款问题，否则，与审计机关的职责明显不符。当然，审计意见可以作为一种证据使用，成为法院定案的参考，但不能将意见作为定案的主要依据。
3、对委托鉴定部门的资格审查。
(1)审查有无法定鉴定资格； (2)审查核发执照的营业范围；(3)审查鉴定资质、技术力量、信誉等； (4)审查与案件当事人有无利害关系。
4、对委托鉴定结论的效力认定。
(1)委托鉴定结论的性质。鉴定结论，亦称专家意见或鉴定人意见(区别于普通证人的证言)，是指鉴定人运用自己的专门技术知识、技能、工艺以及各种科学仪器、设备等，根据当事人的委托、双方当事人的协商、法院的指派或委托对在诉讼中出现的某些专门性问题进行分析、鉴别后所提出的结论性意见。鉴定结论是诉讼中的一种重要证据。
(2)效力认定。鉴定结论经过质证后，确定其证明力和证明力的大小，通常要从以下几个方面进行审查判断：①鉴定人是否具备鉴定能力；②鉴定人使用的鉴定手段是否科学；③鉴定人同案件当事人或案件处理结果是否有利害关系；④鉴定人使用鉴定材料是否充分可靠；⑤要将鉴定结论同案内其他证据联系起来进行审查判断，看鉴定结论同其他证据是否具有一致性，如不一致，就要认真查证，不能采取简单肯定或否定的态度。人民法院委托鉴定部门作出的鉴定结论，当事人没有足以反驳的相反证据和理由(指鉴定结论与其他证据证明的事实相矛盾)的，可以认定其证明力。
