房屋登记行为合法时如何判决？一般认为，按照《行政诉讼法》第五十四条第（一）项规定，登记合法，应当判决维持。我们经调研认为，考虑到房屋登记案件的特殊性，不宜判决维持，判决驳回诉讼请求更为适宜。因为法院对登记行为的审查实际上是复审，而不是代替行政机关作出正确的行为。法院认为被诉登记行为合法意味着两点，一是房屋登记机构的审核达到了合理审慎的程度。二是现有证据可以支持登记结果，但是不能排除将来有新的证据可以推翻这一结果。在登记行为未涉诉的情况下，如果当事人发现登记结果错误，可以持有关证据向房屋登记机构申请更正。但是在登记案件中，如果法院判决维持，按照司法优越原则，房屋登记机构不能作出与此相矛盾的行为，即便登记结果错误，亦无更正空间。鉴此，《规定》第十条规定：“被诉房屋登记行为合法的，人民法院应当判决驳回原告的诉讼请求。”
对违法的房屋登记行为可否作出部分撤销判决？我们认为，以下两种情况可以适用部分撤销：一是登记存在多个权利主体，其中部分主体权利基础丧失，可以撤销部分主体的房屋登记。二是房屋可分，其中房屋的登记违法的，可以判决撤销该部分房屋的登记行为。鉴此，《规定》第十一条第一款规定：“被诉房屋登记行为涉及多个权利主体或者房屋可分，其中部分主体或者房屋的登记违法应予撤销的，可以判决部分撤销。”
房屋登记在诉讼前或者诉讼中已被房屋登记机构撤销或者注销，其可诉性不受影响，但是如何判决有必要加以明确。按照《若干解释》第五十七条第二款规定第（二）项规定，“被诉具体行政行为违法，但不具有可撤销内容的”，法院应当判决确认登记行为违法。此种情形下，房屋登记的效力在确认违法之前即已被消灭。鉴此，《规定》第十一条第二款规定：“被诉房屋登记行为违法，但该行为已被登记机构改变的，判决确认被诉行为违法。”
按照《若干解释》第五十八条规定，撤销房屋登记将给公共利益造成重大损失的，可以判决确认登记违法，但保留登记效果。除此之外，现有法律和司法解释没有规定其他确认违法保留效果的情形。我们认为，为了与《物权法》上善意取得制度相衔接，有必要增加一种情形，即房屋已为第三人善意取得的，即便登记行为违法，亦不应撤销。当然，如果违法可以补救，法院应当判决房屋登记机构采取补救措施。《规定》第十一条第三款规定：“被诉房屋登记行为违法，但判决撤销将给公共利益造成重大损失或者房屋已为第三人善意取得的，判决确认被诉行为违法，不撤销登记行为。”
