主要应根据二种情形加以确定。一种情况是只是签订一个总的合同，在此前提下，当事人要按照约定的时间、条件，分期分批的履行合同义务。由于是一个整体的合同，所以，从重点保护债权人合法权益的角度出发，在诉讼时效发生争议时，要作出对债权人有利的解释。也就是说，应当从债务人最后一次履行合同义务的次日，开始计算整个合同的诉讼时效，而非单独、分别计算各笔债务到期时的诉讼时效。
另一种情况是，不但签订一份总的合同，还在此基础上，分别签订若干分项合同，也就是每一次履行合同义务，均有一份合同加以约束，不是笼统的按照一份合同的约定限制当事人的权利，并不是以总合同为确定当事人权利义务的依据。当产生争议时，要以每一份具体的合同确定当事人之间的权利义务关系。因此，在这样的前提下，要以每一份具体合同确定案件的诉讼时效，不是以笼统的总合同确定诉讼时效。
具体可参见《诉讼时效司法解释》第5条的规定，上述第二种情况，司法解释并未规定，但可从第一种情况加以分析推论。
