建设工程合同纠纷起诉时应注意诉讼时效和除斥期间。
建设工程施工合同最常见的纠纷类型有工程款纠纷、工期纠纷、工程质量纠纷等，合同履行中对时效有严格要求，当事人对工程款、工期、质量等产生纠纷，如无中止、中断、延长事由当事人应在3年的诉讼时效期间内提起。当事人虽然可以超过诉讼时效后起诉，“法律不保护躺在权利上睡觉的人”，人民法院受理后查明无中止、中断、延长事由的，会判决驳回其诉讼请求，故当事人超过诉讼时效起诉会丧失胜诉权。
在施工合同纠纷案件中，有的案件跨越时间长久，很容易超过诉讼时效3年的规定，因此，诉讼时效的起算点成为当事人诉争的焦点，也成为是否胜诉关键。准确把握建设工程施工合同纠纷中诉讼时效的起算时间，即知道或者应当知道权利被侵害的具体时间，是胜诉的前提。
除斥期间又称预定期间、预备期间，是指法律规定的某种民事权利有效存续的期间。除斥期间也是某种法律事实，权利人在法律规定的期限内不行使其权利，其权利即被除斥。据此：
一是要求撤销建设工程施工合同的，应在知道或应当知道撤销事由1年之内起诉主张。
二是要求解除合同的，注意在除斥期间内起诉主张。我国《民法典》第564条规定解除权行使的除斥期间既可以由法律规定，也可以由当事人约定；第2款规定在法律没有规定或当事人没有约定的情况下，经对方催告后的合理期限为除斥期间。
三是承包人主张工程价款优先受偿权的，应在工程价款应付之日起18个月内起诉。承包方向法院提起要求发包方支付工程款的诉求时，最好同时提起承包方在发包方应付工程款范围内对工程拍卖所得款项享有优先受偿权，以免延误工程价款优先受偿权的行使期限。
