《办法》起草过程中，对于能否依据《物权法》第19条的规定，登记机构依职权注销异议登记，存在较大争议：
一种观点认为，既然《物权法》第19条明确规定申请人只要在异议登记之后的十五日内没有起诉，该异议登记就应当自动失效，这就授予了登记机关依职权注销异议登记的权力。申言之，在申请异议登记之前，申请人没有向人民法院起诉或者申请仲裁机构仲裁，且在异议登记之日起十五日内没有起诉或者申请仲裁的，异议登记失效。登记机构应当主动注销异议登记。如果在申请异议登记之前，申请人没有向人民法院起诉或者申请仲裁机构仲裁，但在异议登记之日起十五日内起诉或者申请仲裁的，申请人可以凭已经起诉或申请仲裁的证明文件，请求续展异议登记。这就是说，在法定期限届满、申请人没有来申请续展异议登记的情况下，登记机构应当主动注销该异议登记，从而尽量消除对登记簿记载的权利人房屋权利的限制，方便房屋权利的流转和交易。
另一种观点则认为，依申请原则是《办法》确立的房屋登记基本原则。《物权法》第19条虽然规定不及时起诉异议登记失效，但并未授予登记机构主动依职权撤销异议登记的权力。而且，所谓申请人凭已经起诉或申请仲裁的证明文件申请续展异议登记，在实践中很难操作。该证明文件到底如何界定？如果认为是受理通知书，《物权法》只是规定申请人在十五天内起诉，而法院的受理可能需要一段时间，这就大大缩短甚至抹杀了申请人申请续展的权利；如果认为是寄出起诉书或者法院、仲裁机构收到起诉书的签收文件，则前者难以证明，后者法院、仲裁机构未必配合。
最终，《办法》采用了比较审慎的态度，没有授予登记机构依职权主动注销的权限。在异议登记消灭后，应当依申请注销异议登记。
笔者认为，《办法》的做法虽然较为审慎，有利于登记机构规避相关风险，但此种做法是否妥当，仍然是有疑问的：
首先，依申请登记原则虽然是《办法》确立的房屋登记基本原则，但显然，在法律法规另有规定的情况下，登记机构仍然是有权依职权径行登记的。既然《物权法》明确规定期限届满异议登记失效，在该期限届满的情况下，如果异议登记的申请人无法证明其已经起诉或者申请仲裁，则异议登记已经依法失效；登记机构有权依职权注销该异议登记是不言而喻的。
其次，异议登记申请人有能力就其起诉或者仲裁举证。一方面，相关法律对法院和仲裁机构的受理时限都有明确规定。根据《民事诉讼法》第112条，“人民法院收到起诉状或者口头起诉，经审查，认为符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人；认为不符合起诉条件的，应当在七日内裁定不予受理；原告对裁定不服的，可以提起上诉。”《仲裁法》第24条规定：“仲裁委员会收到仲裁申请书之日起五日内，认为符合受理条件的，应当受理，并通知当事人；认为不符合受理条件的，应当书面通知当事人不予受理，并说明理由。”可见，异议登记申请人在申请异议登记之后及时起诉或者申请仲裁的话，完全可以在15日内收到相关通知。至于法院或者仲裁机构判断是否受理所需的时间，在制定《物权法》时应当已经在立法者考虑之列，并不存在大大缩短甚至抹杀了申请人申请续展的权利的问题。另一方面，即便法院违规不及时受理，一般情况下，在收到起诉书或者仲裁申请书之后，法院或者仲裁机构会予以签收；即便其不签收，申请人也完全可以通过公证来证明其提出了诉讼或者仲裁申请，从而申请续展异议登记。
第三，《办法》的做法将导致异议登记长期存在，损害登记簿记载的权利人的利益，也可能给登记机构带来法律风险。在存在异议登记的情况下，一般而言第三人因无法受到善意取得的保护从而不愿与登记簿记载的权利人进行交易。在房屋价格处于下行期间时，登记簿记载的权利人因异议登记的存在而不能及时转让其房屋，从而损害其利益。虽然《物权法》允许其就不当的异议登记请求申请人赔偿，但是，一方面，申请人可能无力承担赔偿责任；另一方面，申请人也可能提出抗辩，认为该损害系登记机构所致，而不应由其承担责任。例如，某甲对某乙的房屋申请异议登记，而后其并未起诉或者申请仲裁。15日后某乙要求注销异议登记，而登记机构则根据《办法》第79条的规定以其无法提供人民法院不予受理或者驳回异议登记申请人诉讼请求的证明材料为由予以拒绝。某乙预计房屋价格可能下跌而积极联系买主，但都因异议登记的存在而无法完成交易。此后，房屋价格暴跌，某乙损失惨重。现某乙起诉某甲要求赔偿损失。则某甲完全可以以其在申请异议登记之后15日内没有起诉、异议登记已依法失效，且房价下跌是在此后发生为由提出抗辩。这种情况下，某乙可能要求登记机构承担赔偿责任。可见，《办法》的审慎态度并未减少登记机构可能的赔偿责任。
第四，依职权注销异议登记并不损害真正权利人的利益。如我们所指出的，无论从法律规定还是法理来看，同一申请人就同一事项反复申请异议登记未尝不可。在登记机构依职权注销异议登记之后，如果申请人认为其确系真正的权利人，只是因为证据搜集不易或者其他原因而没有及时起诉或者申请仲裁，其不妨再次申请异议登记。
综上所述，我们认为，对于异议登记的注销，应当结合《物权法》和《办法》的规定区分两种情况处理：
一是在申请之前，申请人没有向人民法院起诉或者申请仲裁机构仲裁，但在异议登记之日起十五日内起诉或者申请仲裁的，申请人可以凭已经起诉或申请仲裁的证明文件，请求续展异议登记；如其没有提出请求，则登记机构可以依据《物权法》第19条的规定，依职权注销该异议登记，并通知异议登记的申请人。此种做法，虽然《办法》第79条并未明确规定，但该条也没有明确禁止这种做法；鉴于《物权法》第19条已经作出了规定，因此，登记机构如此处理，并不违反法律。实践中，为审慎起见，登记机构不妨在受理异议登记的同时，告知其及时申请续展；在通知申请人异议登记被依职权注销的同时，告知其有权另行申请异议登记。
二是《办法》第79条规定的依申请办理注销登记的情形。需要强调的是，对于《办法》第79条的适用范围，应当严格界定，即在法定期限届满而登记机构未依职权办理注销登记，或者申请人续展异议登记之后，当事人才可以依据该条申请注销异议登记。
